不過與系列過往的作品，如UC高達背景的《GUNDAM VS Z GUNDAM》、高達SEED背景的《聯合VS ZAFT》不同，由于本作的機體出自各種不同的作品中，很難用統一的技術标準來細緻地評判機體的綜合性能。因此，本作将COST值的分檔空間大大壓縮，将所有機體統一分爲1000、2000、3000三個檔次（默認的COST總值爲6000），而不是像前作那樣、幾乎每部機體的COST值都有所不同。不過實際上，這樣就是直接将機體分爲低、中、高三個檔次。當然，這裏的檔次隻能說明其基礎性能的設定以及相應的消耗，具體的強弱當然就要看玩家的技術了。
以原作來看是穿越14年的對決，但在遊戲中，兩部機體處于同一檔次，都是COST2000的中檔機。
除了COST值分類的簡化，本作的系統方面還有幾個影響戰鬥的重要新要素。其一就是根據戰鬥中剩餘COST值，減少機體被擊墜後再出擊時默認HP的設定。比如當COST總值被打到隻剩2000時，3000機體再出擊時的HP便會直接減爲原本的2/3。這個設定也進一步限制了高端機體的優勢。另一個重要改變則是武器的換裝系統，當一部機體擁有不同的幾套裝備（如SEED的強襲高達就擁有空戰裝、劍裝、炮戰裝三套完全不同的武裝），在以前的《Z高達》系列中會被處理爲在選擇機體後再選擇裝備的種類，一部基礎數值相同的機體以不同的裝備出戰；在《聯合 VS ZAFT》系列，這種情況則直接做成幾部不同的機體，也使得可用機體欄中實際上有着大量同一部機體、不同裝備的“充數”情況（這倒是高達模型常玩的騙錢手段不假- -）。而在本作中，複數形态的武裝則被統一到一部機體上，而且是在戰鬥中用作爲特殊射擊的換裝進行瞬時切換（當然，這也意味着該機體的特殊射擊武器沒有了）。這樣一來，不僅可換裝機體可以運用換裝來對應各種不同的戰局，從而使得機體的性能具有更好的全面性與更多樣的打法。而且，這種統合也避免了《聯合 VS ZAFT》那樣的“充數”情況，反倒是多部“N合一”機體的加入，使得本作的實際可用機體變得多出不少，進一步加強了遊戲的多樣性。
在戰鬥的操作手感方面，本作更多是回歸了更早的《Z高達》系列，而同時也保留了《聯合 VS ZAFT》兩作帶來的流暢格鬥連擊。實際上，在射擊武器單發命中率低下的本作中，除了一些射擊特化的機體之外，比較普遍的戰術還是以射擊爲牽制、偷襲或遠距離攻擊對方的破綻（即使是少數威力、範圍拔群的強力射擊武器，如GP02A的核彈，也因爲彈數的限制而無法經常使用，實際上更接近于“必殺技”的位置），真正能夠造成連續、大幅度的傷害的，還是近身後的格鬥攻擊。而對格鬥特别是連續技的注重，也使得本作又多了幾分格鬥遊戲的色彩。
重火力的ZZ高達本次幹脆被做成了投技機體，格鬥招式幾乎都是投技。至于這個特殊格鬥麽......隻能說不愧是CAPCOM- -
